Frank Sinatra, początkowo przeciwnik "Ojców chrzestnych", ze względu na popularność dwóch pierwszych części chciał objąć rolę starego Dona, ale gażę uznał za zbyt niską i wycofał się. Rolę objął Eli Wallach.
Joe Spinell który grał postać Willi'ego Cici w częściach I i II miał zagrać w części III, ale zmarł na krótko przed rozpoczęciem produkcji.
Rebecca Schaeffer ubiegała się o rolę Mary Corleone, ale została zamordowana tuż przed rozpoczęciem rozmów z twórcami filmu.
Winona Ryder odrzuciła rolę Mary Corleone, ponieważ miała wcześniejsze zobowiązania z kręceniem "Edwarda Nożycorękiego".
O rolę Vincenta Mancini ubiegali się: Alec Baldwin, Matt Dillon, Vincent Spano, Val Kilmer, Charlie Sheen, Billy Zane i Nicolas Cage. Pod uwagę do roli brany był również Tom Cruise.
Corrado Gaipa, który zagrał dona Tommasino w pierwszej części cyklu, miał powtórzyć swoją rolę w tym filmie, ale zmarł na krótko przed rozpoczęciem produkcji. Rolę przejął po nim Vittorio Duse.
Kiedy Michael leży w szpitalu pojemnik z tlenem na jego poduszce zmienia pozycje.
Podczas sceny w operze widoczna jest ręka sięgająca po pistolet leżący na stole.
W budynku opery słyszymy, że Vincent krzyczy, jednak jego usta się nie poruszają.
W filmie Michael Corleone zostaje uhonorowany Orderem Świętego Sebastiana. Faktyczna nazwa tego odznaczenia to Order Świętego Sylwestra. Nazwę zmieniono, aby uniknąć kłopotów prawnych.
Na przyjęciu dochodzi do utarczki między Vincentem, a członkiem ochrony. W pewnym momencie płaszcz Vincenta zsuwa się na ziemię, jednak w następnym ujęciu mężczyzna nadal ma go na sobie.
W końcowej scenie strzelaniny widać, jak Vincent wbiega po schodach na górę, jednak w następnym ujęciu stoi z powrotem na dole, przy reszcie rodziny.
W widocznym na początku filmu ujęciu ukazującym Nowy Jork możemy zauważyć World Financial Center. Budowa tego kompleksu rozpoczęła się dopiero w 1981 roku i nie została ukończona aż do 1987 roku.
Po przyjeździe rodziny Corleone na Sycylię, na jednym z samochodów możemy zauważyć białe tablice rejestracyjne, które wprowadzono we Włoszech dopiero w 1988 roku.
W scenie rozmowy Michaela z Kay w jadalni domu dona Tommasino, ser na talerzu Kay pojawia się i znika pomiędzy ujęciami.
W jednej ze scen na Sycylii, gdy Kay schodzi po schodach do auta, przez szybę możemy zauważyć, że siedzący za kierownicą Michael ściąga czapkę. Jednak chwilę później, gdy Kay siada na tylnym siedzeniu samochodu, Michael odwraca się do niej i ponownie ściąga czapkę.
Gdy zabójca składa swój karabin, przytwierdza celownik optyczny w przeciwnym kierunku. Jednak w późniejszych scenach luneta jest już zamontowana poprawnie.
Podczas zbliżenia na ciało zabitego dona Tommasino możemy dostrzec, że nieznacznie porusza się on oddychając.
Samochód na rysunku, który Anthony dał Michaelowi w drugiej części, był szary, podczas gdy w tym filmie jest czerwony.
Napis na początku filmu informuje nas, że akcja rozgrywa się w 1979 roku. Mimo to w filmie ma miejsce śmierć papieża Pawła VI, który w rzeczywistości zmarł w 1978 roku.
W widocznej w filmie gazecie, wydanej w roku 1980, możemy dostrzec wykres pokazujący umacnianie się funta brytyjskiego w latach 1988-1990.
Jedna z gazet informujących o egzekucjach jest datowana na "środę 15 listopada 1979 roku", podczas gdy dzień ten w rzeczywistości miał miejsce w czwartek. Inna gazeta w filmie jest datowana na "piątek 27 marca 1980 roku", podczas gdy dzień ten również miał miejsce w czwartek.
Obaj ochroniarze bliźniacy zostają zabici w trakcie przedstawienia. Jednak po ostatniej próbie zamachu, przed budynkiem opery, możemy zauważyć jednego z bliźniaków stojącego obok Vincenta przeszukującego ciało zabitego zamachowca.
W filmie ludzie zwracają się do papieża Jana Pawła I używając zwrotu "Wasza Eminencjo" ("Your Eminence"). W tamtym czasie przy zwracaniu się do papieża używano zwrotu "Wasza Świątobliwość" ("Your Holiness").
Kiedy zabójcy znajdują Fredericka Keinsziga, sięga on po leżącą na stole ze skradzionymi pieniędzmi broń. Podczas walki z nimi, mężczyzna przypadkowo zrzuca leżący na górze banknot i wtedy możemy zauważyć, że większa cześć pieniędzy to tylko czyste kawałki papieru.
Końcowe sceny filmu kręcono w operze "Teatro Massimo" w Palermo. Opera ta została jednak zamknięta w roku 1974 w celu ukończenia renowacji wymaganych przez zaktualizowane przepisy bezpieczeństwa. Otworzono ją dopiero 12 maja 1997 roku, ponad 23 lata później więc wystawienie tam "Cavalleria Rusticana" nie byłoby możliwe na początku 1980 roku, tak jak ma to miejsce w filmie.
Kiedy Michael odwiedza arcybiskupa Gildaya, duchowny trzyma w ręce zapalonego papierosa. Gdy rozmawiają o problemach bankowych i potrzebie udzielenia pomocy przez Michaela, inny ksiądz oferuje arcybiskupowi papierosa i przypala mu go. Pierwszy papieros zniknął, chociaż nic z tego co widzimy na ekranie nie wskazuje na to, że arcybiskup go zgasił.
Zdjęcia do filmu zrealizowano w Atlantic City (New Jersey, USA), Nowym Jorku (Nowy Jork, USA), Rzymie, Forza d'Agrò, Palermo, Viterbo, Calatafimi-Segesta, Fiumefreddo di Sicilia, Taorminie, Capraroli, Erice, Acireale (Włochy) oraz w Watykanie.
Zdjęcia do filmu kręcono od 27 listopada 1989 roku do 25 maja 1990 roku.